Trung tâm Y tế Kỳ Anh tiền thân là Trung tâm Y tế huyện Kỳ Anh được thành lập theo Quyết định số 1995/QĐ-UBND ngày 13 tháng 10 năm 2015 trên cơ sở sát nhập Trung tâm Y tế Dự phòng và Trung tâm Dân số - Kế hoạch hóa gia đình huyện Kỳ Anh và được kiện toàn theo Quyết định số 7663/QĐ-UBND ngày 31/12/2020 về việc kiện toàn sắp xếp tổ chức và hoạt động của Trung tâm Y tế huyện Kỳ Anh. Quyết định số: 1503/QĐ-UBND ngày 24/06/2025 của Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tĩnh về việc đổi tên và quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức Trung Tâm Y Tế huyện Kỳ  Anh thành Trung tâm Y tế Kỳ Anh.